La guerre franco-allemande de 1870 avait vu la réquisition de la ferme impériale par l’armée. Son exploitation est rétrocédée à la Ville de Paris en août 1872. Elle le concède en avril 1873 à l’École nationale vétérinaire d'Alfort. En septembre 1877, un bail est signé pour une durée de dix-huit ans, avec l’Institut national agronomique, alors situé à Versailles ; il retrouve la surface initiale de 24 hectares sur le territoire des communes de Joinville-le-Pont, et Saint-Maurice, portée ensuite à 46 hectares. L'École d’Alfort conserverait la jouissance des bâtiments qu'elle utilisait précédemment, aussi bien que des terrés, à l'exception d'un hectare environ réservé à l'Institut. L'Institut agronomique prit possession des locaux jusqu'alors inutilisés : grande vacherie, porcherie, hangar, pour y installer des laboratoires ou des annexes et les terres situées au voisinage immédiat des bâtiments furent transformées en jardins d'essais. Le domaine devint un laboratoire consacré à l'agriculture.

Le troupeau de la ferme de la Faisanderie est mis à la disposition de Louis Pasteur qui y conduit des études pour déterminer le temps pendant lequel les animaux restaient vaccinés. Pasteur utilise une vacherie à double rang, pouvant contenir vingt-quatre vaches pour des expériences, concernant le charbon ou des recherches sur la péripneumonie.

Le bail octroyé arrivé à l’Institut agronomique et à l'École vétérinaire, qui arrivait à expiration en décembre 1894, est reconduit jusque décembre 1901. Il est alors dénoncé par le ministre de l'agriculture en 21 juin 1901 et les locaux sont remis à la ville de Paris en janvier 1902.

Pendant la période, la ferme compte quatre responsables connus.

Paul-Juste Manoury est chef du service des cultures de 1874 à 1875.

Charles Viet (1848-1911) est chef du service des cultures puis régisseur de 1875 à 1883. Il est ensuite régisseur de l'École d'Alfort. Inspecteur général honoraire au ministère de l'Agriculture, il est chevalier de la Légion d'honneur.

 François Groux est régisseur de 1883 à 1884.

 Prudent Lachouille (1837-1921) est régisseur de 1884 à 1901. Militant radical-socialiste à Joinville, il est ensuite maire de Belan-sur-Ource (Yonne) de 1914 à 1919 et officier du Mérite agricole.