Antoine Fayet naît vers 1575. Il est le fils de Jeanne Le Bossu et de son époux Antoine Fayet. Sa mère est la fille d'un receveur général des monnaies. Son père est sieur de Margency (act. Val-d'Oise). Il est conseiller du roi et trésorier de l'extraordinaire des guerres, c’est-à-dire gestionnaire des fonds nécessaires pour les activités militaires et non prévues au budget ordinaire. En 1563, il est nommé secrétaire du roi, titre qui reconnaît son appartenance à la noblesse. Les Fayet ont une origine ancienne dans le Gévaudan (act. Lozère, Occitanie).

La famille compte quatre garçons et une fille. L’aîné, Olivier, est président de la première chambre des enquêtes du Parlement de Paris ; Nicolas, est secrétaire d’État (directeur d’une administration centrale) et président en mars 1616 de la Chambre des comptes de Paris ; Martin est trésorier provincial des guerres.

Antoine Fayet fils fait des études de théologie à l’université de Paris, dite de Sorbon. Il en sort avec le titre de docteur et assure la fonction de conseiller au parlement de Paris. Il est nommé curé de l’église Saint-Paul de Paris en 1597. Il conservera cette fonction jusqu’à 1627. L’église sera reconstruite au 19^e siècle et prend alors le nom de Saint-Paul-Saint-Louis.

En 1604, Martin Fayet, frère d’Antoine, avait acquis le domaine de Polangis, comprenant notamment une maison et une ferme sur un vaste terrain, situé sur la rive gauche de la Marne, dans l’actuel territoire de la commune de Joinville-le-Pont et, pour une petite partie, également de Champigny-sur-Marne (Val-de-Marne). À son décès, Antoine Fayet en hérite. Il transmettra lui-même une part à leur frère Olivier et à sa fille Bonne, le moulin à eau situé sous l’arche du pont de Saint-Maur (act. pont de Joinville). En décembre 1623, Antoine Fayet vend le domaine de Polangis à Charles de Valliech, premier secrétaire du duc d’Épernon.

Il y a sans doute un lien entre la propriété du domaine de Polangis et le fait que l’abbé Antoine Fayet est nommé chantre et chanoine de l’église de Saint-Nicolas de Saint-Maur-des-Fossés. L’abbaye de Saint-Maur, dont l’église était une fondation, avait été jusqu’en 1482 propriétaire du domaine. Il était également chanoine de Paris.

C’est en sa qualité de docteur de la Faculté de théologie de l’Université de Paris (la Sorbonne) qu’Antoine Fayet est nommé en décembre 1612 à la tête d’une députation de quatre docteurs. Ils sont chargés par le doyen de la faculté, P. Bottereau, d’examiner un livre de Martin Bécan (1563-1624), dit Becanus, intitulé La Controverse d’Angleterre touchant la puissance du Roi et du Pape. L’auteur est un jésuite des Pays-Bas espagnols, théologien catholique de la Contre-Réforme. Les conclusions sont présentées à la reine régente, Catherine de Médicis, au chancelier et garde des sceaux Nicolas Brûlart de Sillery et au cardinal Jean de Bonzi, évêque de Béziers. Les rapporteurs considèrent que « le livre renfermait quantité de choses dangereuses et d’une grande importance » et en recommandent la censure. Le cardinal de Richelieu témoigne dans ses mémoires : « Un orage s’éleva (…) contre les jésuites pour un livre composé par un des leurs, nommé Becanus (…). Ce livre fut vu en France en novembre [1612], et accusé par aucuns docteurs en leur assemblée du premier de décembre, comme proposant le parricide des rois et des princes pour une action digne de gloire ». La reine préféra attendre l’avis de Rome, où siège la papauté, avant de décider de ladite censure.

Le débat s’inscrit dans les débats en France sur la primauté de l’autorité des rois sur celle du pape. Pour l’historien Nicolas Sanders, la dénonciation vient de ce que les docteurs parisiens estiment que les doctrines du jésuite sont dangereuses, Becanus professant le pouvoir temporel des papes sur les rois.

En novembre 1623, sollicite l’acquisition d’un terrain situé dans le Faubourg Saint-Antoine à Paris, pour y construire une chapelle qui soit une succursale de l’église Saint-Paul, destinée aux résidents du quartier, en forte croissance démographique. Il achète, probablement avec les moyens qu’il a retiré de la vente du domaine de Polangis, un terrain en octobre 1624 auprès de Jean de Vitry, seigneur de Reuilly.

La construction de l’édifice se fait en 1625 rue Saint-Bernard et il est nommé Sainte-Marguerite. Cependant, les demandes de Fayet et des habitants du Faubourg pour en faire une église succursale se heurtent à l’opposition des marguilliers de Saint-Paul, laïcs élus par l’assemblée de notables de la paroisse, chargé de la gestion du conseil de fabrique paroissial. Le parlement de Paris jugea, en juillet 1629, que le bâtiment devait rester une simple chapelle, devant servir de sépulture aux membres de la famille Fayet. Mais, une seconde décision de la même instance décida, en août 1631 (confirmée par deux arrêts d’août 1632 et mai 1633), que la chapelle serait érigée en succursale. L’abbé Fayet, qui avait abandonné la cure de Saint-Paul en 1627, fait alors célébrer un service dominical dans le nouveau temple. L’extension du bâtiment se fait en 1634.

Antoine Fayet meurt le 10 février 1634 à Paris. Il était âgé d’environ 69 ans et est enterré dans l'église Sainte-Marguerite. Ses héritiers continuèrent à financer les travaux de l’église. Un plaque apposée dans l’édifice mentionne qu’il en fut, en 1634 le curé fondateur. Son portrait est accroché dans la sacristie de l’église Saint-Paul-Saint-Louis, dont il avait été le cinquième curé, avec l’indication « Fayet Antoine 1597-1627 » et l’inscription « Messire Antoine Fayet, conseiller au Parlement de Paris et curé de Saint-Paul, mort le 10 février 1634. »

Portrait de l’abbé Antoine Fayet, sacristie de l’église Saint-Paul-Saint-Louis à Paris