Charles Raphaël Ythier naît le 2 janvier 1864  à Joinville-le-Pont (Seine, act. Val-de-Marne) ; inscrit comme Ithier, son nom est rectifié par jugement en août 1882. Il est le fils de Justine Zo, couturière et de QueveutDieu Ythier, charpentier.

Avec son père et son frère Gustave, Charles Ythier, qui a alors 15 ans, participe en septembre 1879 à une souscription pour les amnistiés de la Commune de Paris, lancée par le journal Le Rappel, et collectée à Joinville-le-Pont par Grosbois, coiffeur. Beaucoup des anciens communards sortent de prison ou du bagne avec des problèmes de santé ou de ressources.

Comme son père et ses deux frères aînés, Charles Ythier est charpentier. Il vit d’abord 24, rue de Paris avec son père en centre-ville puis en 1891 sur l’île Beaubourg (auj. disparue), toujours sur la rive droite de la Marne, à côté de son frère Gustave. Quelques mois après ce dernier, il s’installe dans la commune voisine de Saint-Maurice.

S’il ne semble pas s’être marié, Charles Ythier a reconnu être le père de Pauline Justine Ythier, née en mars 1891 et fille de Maria Sophie Véron, 22 ans, journalière. Il vit avec elle, et reconnaît un autre enfant né d’elle en 1887, Georges Victor. Cependant, en novembre 1896 Maria Sophie Véron se marie avec Eugène Jules Roy à Saint-Maur, légitimant ainsi ses deux enfants ; elle divorcera en 1912.

La date de décès de Charles Raphaël Ythier n’est pas connue.