Avant la première guerre mondiale, la notoriété de l’école du Parangon devient assez grande. Henri Rousseau a associé, en 1909, son fils aîné, Louis, à la direction. Il est spécialement en charge de l’accueil des élèves étrangers. L’école est présente en 1913 à l’exposition universelle de Gand, présentant une bibliothèque pliante portative construite par les élèves, contenant une petite collection de produits coloniaux.
Au début du conflit, alors que son fils Louis est mobilisé, Henri Rousseau s’efforce de maintenir l’activité de l'Institution du Parangon. La rentrée est cependant décalée de deux semaines, début octobre 1914. L’enseignement est offert gratuitement aux enfants de mobilisés.
Dès le 3 août 1914, une Œuvre de patronage et d'hospitalisation des enfants est constituée au Parangon, sous la conduite du Dr Rousseau et de son épouse. Le sculpteur et médailliste Jules Édouard Roiné en est le vice-président.
En 1915, les activités de la Société de gymnastique et de préparation militaire du Parangon reprennent sous la conduite d’un militaire blessé.
Cependant, faute sans doute d’une clientèle suffisante, l’école ferme définitivement en 1917. Ses bâtiments servent à l’implantation d’un hôpital américain cette même année. À la fin du conflit, le service de santé de la Croix-Rouge française prend le relais. Après-guerre, la transformation du Parangon est envisagée par le département de la Seine, mais son aménagement est jugé trop coûteux. Ce sont finalement les Sœurs de l'Assomption qui s’y installent. Elles mènent une activité de garde-malades pour les pauvres.
Après la fermeture de ses établissements, le docteur Rousseau cesse son activité médicale en 1917.
En complément de son activité médicale, Henri Rousseau avait poursuivi son travail scientifique et fait œuvre de naturaliste. Outre des articles dans le Journal des campagnes, il publie plusieurs ouvrages comme Herbiers d’enseignement (1888), Atlas des plantes médicinales et vénéneuses (1895, réédité en 1920), Les Plantes nuisibles (1902). Il est également l’auteur d’ouvrages pédagogiques et de brochures scientifiques ou médicales, comme Contribution à l’étude de l’acide chromique (1878) ou Secours à donner aux noyés en attendant l’arrivée du médecin (1874).
Le Dr Rousseau est également impliqué dans plusieurs associations. Il est signalé comme membre de l’association de lutte contre l’alcoolisme La Tempérance entre 1881 et 1885. Depuis 1885, il participe à la Société nationale d'horticulture de France et y est toujours actif en 1905. Il intègre la Société de géographie commerciale de Paris en 1900 et continue d’y participer jusqu’en 1914. Sa contribution à l’Association française pour l'avancement des sciences est signalée en 1889-1890. Il est un des conseillers du Comité de Saint-Maur, Joinville et Charenton de la Société de secours aux blessés militaires (Croix-Rouge) en 1902 et en 1905. Enfin, il préside à partir de 1910 la Société de gymnastique du Parangon, structure de l'Union nationale des sociétés de tir de France.
En septembre 1923, il participe au congrès des jardins ouvriers qui se tient à Strasbourg (Bas-Rhin).
Henri Rousseau meurt le 23 octobre 1926 à Joinville. Il était âgé de 80 ans et était père de deux fils. Henri Rousseau était titulaire de nombreuses décorations : outre au moins six distinctions agricoles, il est officier de l’ordre de Nicham Iftikar (Tunisie), titulaire de la médaille annamite de Khim Kaï (Viêt-Nam), des Palmes académiques comme officier d’académie (mai 1889) puis officier de l’instruction publique (janvier 1897), et chevalier de la Légion d’honneur (juillet 1926).
Son fils aîné, Louis Jules, fut associé à la direction de l’institution du Parangon à partir de 1909, officier et décoré de la Croix de guerre.
Son fils cadet, Paul, avocat à la cour d'appel puis procureur et juge, épousa Alice Roiné, fille du sculpteur Jules-Édouard Roiné.
Henri Rousseau, Les Plantes nuisibles

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